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VMD su GPU Tesla
VMD è un programma di visualizzazione molecolare per la visualizzazione, l'animazione e l'analisi di grandi sistemi biomolecolari con grafica 3D e scripting incorporato. Diversi kernel e applicazioni chiave di VMD ora sfruttano l'architettura CUDA di elaborazione in parallelo su GPU NVIDIA. Usando una GPU NVIDIA CUDA queste applicazioni vengono eseguite da 20 a 100 volte più rapidamente rispetto all'esecuzione su CPU, come viene discusso qui sotto.
Download e installazione
Dati di riferimento
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| I dati sono cortesemente offerti dal Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC |
Diversi standard di riferimento dettagliati sul VMD sono disponibili nella Pagina della soluzione verticale di dinamica molecolare di NVIDIA.
Presentazioni
- Existen diferentes publicaciones y presentaciones sobre la aceleración de VMD y NAMD en la GPU que pueden descargarse a través de http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/#publications.
- From SC09: Accelerating Molecular Modeling Applications with GPU Computing - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
- From 2009 GPU Technology Conference: GPU Accelerated Visualization and Analysis in VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
- Per saperne di più sull'accelerazione delle applicazioni di dinamica molecolare con CUDA è possibile fare riferimento alla pagina di dinamica molecolare.
Interviste/video
- Dal SC09: John Stone della University of Illinois parla dell'accelerazione via GPU di VMD 412X
- SC09 BLOG auf NVIDIA nTersect: Studying the H1N1 Virus using NVIDIA GPUs
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