NVIDIA Home > Indice dei prodotti > Soluzioni di elaborazione ad alte prestazioni > UGENE su GPU Tesla
 |
Iscriviti |  |
Condividi |
UGENE su GPU Tesla
Unipro UGENE è un pacchetto software gratuito di bioinformatica cross-platform che integra più strumenti biologici molto utili e apprezzati in un'unica interfaccia utente di grande flessibilità. Per offrire il massimo delle prestazioni possibili, UGENE utilizza le moderne GPU NVIDIA Tesla per ottimizzare le routine di calcolo. UGENE include un’implementazione accelerata da CUDA dell’algoritmo di Smith Waterman e un allineatore estremamente rapido di brevi sequenze di DNA ottimizzato per le GPU CUDA.
Scaricamento e installazione
- Scaricamento di Unipro UGENE
- Funziona con i SO MS Windows, Linux e Mac OS X
- Include una versione accelerata da CUDA dell’algoritmo di Smith-Waterman e un allineatore rapido di sequenze brevi
- Manuale dell’utente di UGENE (installazione e documentazione)
Dati di benchmark
L’algoritmo di Smith-Waterman accelerato da CUDA è 9 volte più rapido rispetto all’implementazione in parallelo dell’algoritmo (inclusa nel pacchetto UGENE) e 40 volte più rapido dell'implementazione classica. I dettagli sono disponibili nella pagina di benchmarking di UGENE.
 |
 |
Documenti tecnici e presentazioni
- Tech Report: :“Applicazione del GPGPU all’accelerazione di brevi sequenze di DNA nel progetto Unipro UGENE”
- Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica con le GPU
Forum di discussione
Interviste/video
SOLUZIONI GPU
Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.
CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA
| Configurazione per workstation desktop | Configurazione per data center |
|
|