CUDASW++ su GPU Tesla

CUDASW++ è un software di bio-informatica per le ricerche sui database proteici con algoritmo di Smith-Waterman che permette di sfruttare l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla. Questo rende le ricerche da 10 a 50 volte più rapide rispetto all'applicazione NCBI BLAST. CUDASW++ supporta query di lunghezze sino a 59K.

Download e installazione

• Scaricare CUDASW++
• Note sulla release di CUDASW++ (installazione, guida dell'utente)

Dati di benchmark

CUDASW++ può sfruttare può sfruttare la potenza offerta dalla presenza di più GPU Tesla in una workstation per eseguire le ricerche con una rapidità da 10 a 50 volte superiore all'applicazione NCBI BLAST, ottenendo sino a 30 GCUP su query di lunghezza sino a 5000. Mentre BLAST è un algoritmo euristico, CUDASW++ rileva in modo ottimale la similarità locale ricorrendo all'algoritmo di Smith-Waterman.

Documenti tecnici

• "CUDASW++: ottimizzazione delle ricerche nei database proteici grazie all'algoritmo di Smith-Waterman sfruttando le proprietà delle unità di elaborazione grafiche compatibili con CUDA, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
• Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU

Forum di discussione

• Comunità di GPU Computing su GPUcomputing.net

Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.

CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA

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