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CUDASW++ su GPU Tesla

CUDASW++ è un software di bio-informatica per le ricerche sui database proteici con algoritmo di Smith-Waterman che permette di sfruttare l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla. Questo rende le ricerche da 10 a 50 volte più rapide rispetto all'applicazione NCBI BLAST. CUDASW++ supporta query di lunghezze sino a 59K.

Download e installazione

• Scaricare CUDASW++
• Note sulla release di CUDASW++ (installazione, guida dell'utente)

Dati di benchmark

CUDASW++ può sfruttare può sfruttare la potenza offerta dalla presenza di più GPU Tesla in una workstation per eseguire le ricerche con una rapidità da 10 a 50 volte superiore all'applicazione NCBI BLAST, ottenendo sino a 30 GCUP su query di lunghezza sino a 5000. Mentre BLAST è un algoritmo euristico, CUDASW++ rileva in modo ottimale la similarità locale ricorrendo all'algoritmo di Smith-Waterman.

Documenti tecnici

• "CUDASW++: ottimizzazione delle ricerche nei database proteici grazie all'algoritmo di Smith-Waterman sfruttando le proprietà delle unità di elaborazione grafiche compatibili con CUDA, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
• Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU

Forum di discussione

• Comunità di GPU Computing su GPUcomputing.net

Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.

CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA

Configurazione per workstation desktop	Configurazione per data center
GPUs 2 Tesla C1060 Computing GPUs CPU e memoria principale CPU x86 a 2,33 GHz >8 GB (4 GB di memoria principale per ogni GPU Tesla C1060)	Non applicabile (la versione CUDA di SW++ non è ancora compatibile con MPI)

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