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MUMmerGPU su GPU Tesla
MUMmerGPU è un software di bioinformatica per l'allineamento delle sequenze a elevato throughput per mezzo di GPU. La soluzione accelera l'allineamento di sequenze di più query su una singola sequenza di riferimento sfruttando l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla.
Download e installazione
- Scaricare MUMmerGPU
- Il pacchetto software scaricabile contiene anche le istruzioni di installazione
Dati di benchmark
MUMmerGPU (versione 2.0) offre una velocità da 3 a 4 volte superiore a quella di MUMmer eseguito su CPU. I dati che compaiono nel grafico sottostante sono si basano su MUMmerGPU versione 1.0 e verranno presto aggiornati.
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| Dati cortesemente forniti dalla University of Maryland |
Documenti tecnici e presentazioni
- "Allineamento di sequenze a elevato throughput con le unità di elaborazione grafica", M. Schatz et al.: BMC Bioinformatics 2007
- "Ottimizzazione dei calcoli GPGPU più impegnativi per l'allineamento delle sequenze di DNA", C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Ago 2009
- Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU
Forum di discussione
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Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.
CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA
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