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CUDA-MEME su GPU Tesla

CUDA-MEME è un software di scoperta dei motivi strutturali delle proteine basato su MEME (versione 3.5.4). Questo software accelera MEME grazie all'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla.

Download e installazione

• Scaricare CUDA-MEME
• Il pacchetto software scaricabile contiene anche le istruzioni di installazione e la guida dell'utente

Dati di riferimento

CUDA-MEME eseguito su una GPU Tesla C1060 è sino a 23 volte più veloce di MEME eseguito su una CPU x86. Questa soluzione riduce il tempo di calcolo da diverse ore per la soluzione su CPU a pochi minuti per la soluzione su GPU. I dati che compaiono nel grafico sottostante sono per il modello OOPS (un'occorrenza per sequenza) applicato a 4 serie di dati.

Documenti tecnici

• "CUDA-MEME: accelerazione della scoperta dei motivi strutturali nelle sequenze biologiche mediante le unità di elaborazione grafica compatibili con CUDA, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, Ottobre 2009
• "GPU-MEME: uso dell'hardware grafico per accelerare la scoperta di motivi strutturali nelle sequenze di DNA, C. Chen et al, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
• Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU

Forum di discussione

• Comunità di GPU Computing su GPUcomputing.net

Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.

CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA

Configurazione per workstation desktop	Configurazione per data center
GPUs 1 GPU Tesla C1060 (la versione per CUDA di MEME al momento supporta solo GPU singole) CPU e memoria principale CPU x86 a 2,33 GHz > 8 GB (4 GB di memoria principale per ogni GPU Tesla C1060)	Non applicabile (la versione per CUDA di MEME non usufruisce ancora dell'abilitazione MPI)

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