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HOOMD su GPU Tesla

HOOMD-blue è un pacchetto di dinamica delle particelle di utilità generale sviluppato appositamente per sfruttare la rivoluzionaria architettura CUDA presente nelle GPU NVIDIA. Questo pacchetto contiene un certo numero di campi di forza e integratori differenti e la sua progettazione a oggetti permette di aggiungerne altri con facilità.

Download e installazione

• Binari per HOOMD-blue
• Documentazione (guide all'installazione, tutorial per l'avvio rapido)

Dati di riferimento

Standard di riferimento dettagliati sono disponibili nella pagine HOOMD-blue. Una GPU Tesla che esegue HOOMD-blue può surclassare 32 core di CPU.

Dati cortesemente forniti dalla University of Michigan

Presentazioni

• Per saperne di più sull'accelerazione delle applicazioni di dinamica molecolare con CUDA è inoltre possibile fare riferimento alla pagina di dinamica molecolare.

Interviste/video

• Shampoo e scienze computazionali - Temple University

Storie di successo

• NCSA, novembre 2009: Le GPU del cluster Lincoln dell'NCSA accelerano le simulazioni di dinamica molecolare che sono alla base dello sviluppo di nuovi detergenti e sistemi per la somministrazione di farmaci

Forum di discussione

• Comunità di GPU Computing su GPUcomputing.net

Disponibile come soluzione desktop di personal supercomputing in grado di surclassare un cluster CPU da 32 nodi, o come soluzione cluster in grado di offrire le prestazioni di un supercomputer convenzionale su larga scala a 1/10 del costo e 1/20 dell'assorbimento energetico. Basate sulla rivoluzionaria architettura CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo della ricerca scientifica.

CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA

Configurazione per workstation desktop	Configurazione per data center
GPUs 1 GPU Tesla C1060 (la versione per CUDA di HOOMD al momento supporta solo GPU singole) CPU e memoria principale CPU x86 a 2,33 GHz > 16 GB (4 GB di memoria principale per ogni GPU Tesla C1060)	Non applicabile (la versione per CUDA di HOOMD non usufruisce ancora dell'abilitazione MPI)

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