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GPU-HMMER su GPU Tesla
GPU-HMMER è un software di bioinformatica che esegue l'allineamento delle sequenze proteiche usando il profilo HMM e permette di sfruttare l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla. GPU-HMMER è da 60 a 100 volte più rapido di HMMER (2.0).
Download e installazione
Dati di benchmark
GPU-HMMER accelera lo strumento hmmsearch grazie alle GPU e consente di ottenere velocità di esecuzione da 60 a 100 volte superiori. GPU-HMMER può sfruttare la potenza offerta dalla presenza di più GPU Tesla in una workstation per ridurre la durata di una ricerca a pochi minuti, invece delle ore precedentemente necessarie usando esclusivamente le CPU.
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Documenti tecnici
- "Valutazione dell'uso delle GPU nella segmentazione delle immagini del fegato e nelle ricerche sui database HMMER, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli e V. Chaudhary: International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), 2009
- Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU
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Le applicazioni Tesla Bio Workbench possono essere implementate su personal supercomputer desktop basati su GPU o in soluzioni data center. Basate sulla rivoluzionaria architettura di elaborazione in parallelo CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo delle ricerche scientifiche computazionali.
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