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GROMACS su GPU Tesla

GROMACS è un pacchetto di dinamica molecolare progettato principalmente per la simulazione di molecole biochimiche quali proteine, lipidi e acidi nucleici che si basano su interazioni con legami estremamente complicati. Il porting su CUDA di GROMACS che permette l'accelerazione via GPU è appena stato reso disponibile in versione beta. Questa versione supporta Particle-Mesh-Ewald (PME), forme arbitrarie di interazioni senza legame e i metodi Generalized Born a solvente implicito.

Download e installazione

• Software CUDA Beta GROMACS
• Istruzioni per l'installazione e note sulla release di GROMACS OpenMM

Dati di riferimento

La versione CUDA di GROMACS attualmente supporta una singola GPU e produce i seguenti risultati:

	Dati cortesemente forniti dallo Stockholm Center for Biomembrane Research

Documenti tecnici

• M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
• Per saperne di più sull'accelerazione delle applicazioni di dinamica molecolare con CUDA è possibile fare riferimento alla pagina di dinamica molecolare.

Forum di discussione

• Comunità di GPU Computing su GPUcomputing.net

Disponibile come soluzione desktop di personal supercomputing in grado di surclassare un cluster CPU da 32 nodi, o come soluzione cluster in grado di offrire le prestazioni di un supercomputer convenzionale su larga scala a 1/10 del costo e 1/20 dell'assorbimento energetico. Basate sulla rivoluzionaria architettura CUDA, queste soluzioni sono progettate per accelerare il ritmo della ricerca scientifica.

CONFIGURAZIONE HARDWARE CONSIGLIATA

Configurazione per workstation desktop	Configurazione per data center
GPUs 1 GPU Tesla C1060 (la versione per CUDA di GROMACS al momento supporta solo GPU singole) CPU e memoria principale CPU x86 a 2,33 GHz > 16 GB (4 GB di memoria principale per ogni GPU Tesla C1060)	Non applicabile (la versione per CUDA di GROMACS non usufruisce ancora dell'abilitazione MPI)

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