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CUDA-EC su GPU Tesla
CUDA-EC è uno strumento di correzione degli errori di sequenziamento in lettura breve che si affida all'accelerazione delle prestazioni grazie all'elaborazione in parallelo. La soluzione corregge gli errori di sequenziamento dei dati a lettura breve ed elevato throughput (HTSR) e accelera la procedura HTSR sfruttando l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla. La correzione degli errori è una fase precedente l'elaborazione vera e propria per numerosi strumenti di assemblaggio di frammenti di DNA ed è molto utile per le nuove macchine di sequenziamento a elevato throughput.
Download e installazione
- Scaricare CUDA-EC
- Il pacchetto software scaricabile contiene anche le istruzioni di installazione e la guida dell'utente
Dati di benchmark
CUDA-EC eseguito su una GPU Tesla C1060 è sino a 20 volte più veloce di Euler-SR eseguito su una CPU x86. Questa soluzione riduce il tempo di calcolo da diversi minuti per la soluzione su CPU a pochi secondi per la soluzione su GPU. I dati nel grafico sottostante sono tassi di errore dell'1, 2 e 3% denotati da A1, A2, A3 e così via per 5 diversi genomi di riferimento.
Confronto fra CUDA-EC ed Euler-SR
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Documenti tecnici
- "Accelerazione della correzione degli errori nei dati di sequenziamento del DNA in lettura breve a elevato throughput grazie a CUDA , H. Shi et al: Workshop internazionale sulla High Performance Computational Biology (HiCOMB 2009)
- "Un algoritmo di parallelizzazione per la correzione degli errori nei dati in lettura breve a elevato throughput sull'hardware grafico compatibile con CUDA, H. Shi et al: comparirà sul Journal of Computational Biology
- Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU
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