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CUDA-BLASTP su GPU Tesla
CUDA-BLASTP è stato progettato per accelerare NCBI BLAST nelle operazioni di scansione dei database di sequenze proteiche sfruttando l'eccezionale potenza dell'architettura di elaborazione in parallelo CUDA presente nelle GPU NVIDIA Tesla. CUDA-BLASTP dispone anche di un utility per convertire il database in formato FASTA in file leggibili da CUDA-BLASTP.
Download e installazione
- Scaricare CUDA-BLASTP
- Leggimi di CUDA-BLASTP (installazione, guida dell'utente)
Dati di benchmark
CUDA-BLASTP eseguito su una workstation con due GPU Tesla C1060 è 10 volte più rapido di NCBI BLAST (2.2.22) eseguito su una CPU Intel i7-920. Questa soluzione riduce il tempo di calcolo da diversi minuti per la soluzione su CPU a pochi secondi per la soluzione su GPU.
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Documenti tecnici
- La Nanyang Technological University di Singapore sta per produrre un rapporto tecnico su CUDA-BLASTP
- Altre pubblicazioni sull'accelerazione delle applicazioni di bio-informatica che sfruttano la potenza delle GPU
Forum di discussione
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