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I ricercatori britannici e thailandesi si avvalgono delle GPU NVIDIA Tesla per combattere l'epidemia H1N1

Un cluster ad alte performance basato su GPU è utilizzato per individuare le modalità per combattere le mutazioni del virus H1N1 che resistono ai medicinali

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Amburgo, Germania—ISC’12—18 Giugno, 2012—NVIDIA ha annunciato oggi che le GPU stanno giocando un ruolo centrale nella ricerca che porrà nuova luce sulla strada della prevenzione di future epidemie del virus mortale H1N1.

Una delle maggiori difficoltà nel combattere l'H1N1 è stata rappresentata dalle frequenti e rapide mutazioni del virus che hanno reso inefficaci medicine anti-influenzali, come Tamiflu® (oseltamivir) e Relenza® (zanamivir).

In ogni caso, utilizzando le simulazioni al computer, i ricercatori della University of Bristol,nel Regno Unito, e delle Università Bansomdejchaopraya Rajabhat e Chulalongkorn di Bangkok, hanno osservato come le mutazioni H1N1 possano causare cambiamenti nelle dinamiche strutturali chimiche e biologiche di un enzima chiave del virus, rivelando, per la prima volta, il meccanismo di resistenza alle medicine anti-influenzali esistenti. Grazie a questi passi avanti, sarà possibile identificare nuove strade per gestire queste mutazioni e magari ridurre l'impatto mortale di epidemie future.

Utilizzando un piccolo cluster equipaggiato con la GPU ad alte performance NVIDIA® Tesla® per effettuare simulazioni avanzate con la AMBER molecular dynamics application, il team di ricerca ha scoperto il meccanismo di resistenza dell' H1N1 in metà tempo e usando un quinto dei server che sarebbero stati necessari con un cluster di sole CPU.(1)

Un documento dettagliato sulle scoperte dei ricercatori è stato pubblicato in una recente edizione di Biochemistry.

“Il cluster a quattro nodi e otto GPU ci ha permesso di effettuare e ripetere un numero molto più elevato di simulazioni complesse, come non sarebbe stato possibile altrimenti," ha affermato Dr. Christopher Woods, lead investigator del team di ricerca nel Regno Unito. “Questo ci ha consentito di esplorare in modo esaustivo tutte le mutazioni dei virus di interesse, creando una fotografia dettagliata che ci ha permesso di identificare rapidamente i passi chiave nel meccanismo di resistenza. Un sistema paragonabile basato solo su CPU ed equipaggiato con da 16 a 24 CPU avrebbe richiesto il doppio del tempo, nella migliore delle ipotesi. E per il nostro team sarebbe stato praticamente impossibile monopolizzare per tutto il tempo il cluster, vista l'elevata richiesta di cicli computazionali degli altri ricercatori dell'Università."

A seguito dell'epidemia dell'influenza H1N1 nel 2009, che ha colpito 89 milioni e ucciso fino a 18.300 persone,(2) i ricercatori di tutto il mondo hanno fatto a gara per scoprire come le mutazioni dei virus abbiano portato all'inefficacia delle principali medicine anti-influenzali. In ogni caso, lo studio dei virus negli esperimenti di laboratorio è difficile perché le reazioni sono spesso troppo veloci e delicate per essere catturate. E le simulazioni a computer avanzate di questi sistemi sono state finora fuori portata per i ricercatori che non avevano accesso ai supercomputer più costosi.

“Fino ad oggi l'utilizzo di simulazioni computerizzate per la scoperta di cure e la prevenzione delle malattie è stato limitato a causa dei grandi e costosi supercomputer richiesti per lo studio dei sistemi biologici," ha dichiarato Sumit Gupta, senior director of the Tesla business at NVIDIA. “Oggi un piccolo e abbordabile server basato su GPU dà ai ricercatori accesso a un sistema in-house ad alte performance, che permette di effettuare diverse scoperte scientifiche."

Per consentire a un maggior numero di ricercatori di provare l'esperienza della ricerca effettuata tramite GPU, NVIDIA ha lanciato il GPU Test Drive program, che permette a chimici e biologi di testare gratuitamente l'accelerazione su GPU delle loro simulazioni della dinamica molecolare su un GPU cluster in remoto. Per saperne di più, è possibile visitare il GPU Test Drive website.

Informazioni su GPU NVIDIA Tesla
Le GPU Tesla sono acceleratori paralleli basati sulla piattaforma di calcolo parallelo NVIDIA CUDA®. Le GPU Tesla sono state espressamente progettate per il calcolo ad alte prestazioni (HPC), la scienza computazionale e il supercalcolo e offrono performance significativamente superiori con le applicazioni scientifiche e commerciali rispetto ai sistemi basati su sole CPU. Le GPU Tesla, oggi equipaggiano tre dei cinque supercomputer della classifica mondiale. Maggiori informazioni sulle GPU NVIDIA Tesla sono disponibili sul sito Tesla.Per saperne di più di CUDA, è possibile visitare CUDA website.Ulteriori news su NVIDIA , sull'azienda e sui prodotti, video, immagini e altro sono disponibili nella NVIDIA newsroom.E' possibile anche seguirci su Twitter (@NVIDIATesla).

Informazioni su NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) ha mostrato al mondo intero la reale potenza della grafica computerizzata con l'invenzione della GPU avvenuta nel 1999. Oggi, i suoi processori sono la base fondante di una vasta gamma di prodotti, che spaziano dagli smartphone ai supercomputer. I processori mobile di NVIDIA vengono usati nei telefonini, nei tablet e sistemi di infotainment per automobili. I giocatori su PC si affidano alle GPU per accedere a mondi virtuali di grande spettacolarità e immersività. I professionisti li usano per creare grafica 3D ed effetti visivi per i film e per la progettazione di qualsiasi cosa, dai campi da golf sino ai Jumbo Jet. Infine, i ricercatori utilizzano le GPU per espandere le frontiere della scienza grazie a soluzioni di high-performance computing. La società è proprietaria di oltre 5.000 brevetti inviati, depositati o registrati, fra cui alcuni relativi a "concetti essenziali" per il computing moderno. Per ulteriori informazioni,vedere www.nvidia.it.

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Alcune affermazioni riportate nel presente comunicato stampa ivi incluse, in via esemplificativa, affermazioni relative a: l'impatto, le prestazioni e i vantaggi della piattaforma di elaborazione in parallelo NVIDIA CUDA, nonché l'impatto positivo dei brevetti della società sul computing moderno, sono affermazioni soggette a rischi ed incertezze che possono avere esiti effettivi materialmente differenti dalle aspettative. Importanti fattori che possono causare esiti molto diversi da quelli attesi sono: condizioni economiche globali; ricorso a terze parti per la produzione, l’assemblaggio, l'imballaggio e il testing dei prodotti; impatto dello sviluppo o della concorrenza a livello tecnologico; sviluppo di tecnologie più veloci o efficienti; difetti di progettazione, produzione o software; variazioni delle preferenze e richieste dei consumatori; cambiamenti di standard e interfacce del settore; riduzione imprevista delle prestazioni dei nostri prodotti o delle nostre tecnologie quando vengono integrati nei sistemi, nonché altri fattori di volta in volta trattati nei rapporti che NVIDIA inoltra all'ente Securities and Exchange Commission (SEC), ivi compreso il relativo modulo 10-Q per il periodo fiscale terminato il martedì 22 novembre 2011. Copie dei documenti e delle relazioni depositati presso la SEC sono disponibili presso il sito Web di NVIDIA a titolo assolutamente gratuito. Queste previsioni sono soggette a rischi e incertezze e quindi non costituiscono alcuna garanzia di future prestazioni e rendimenti e sono valide soltanto alla data in cui sono state formulate. Inoltre, fatte salve le limitazioni previste dalla legge, NVIDIA disconosce qualsiasi obbligo ad aggiornare tali previsioni in modo da riflettere eventi o circostanze future.

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