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L’accelerazione portata dalle GPU alle principali applicazioni di genomica con OpenACC promette di velocizzare lo sviluppo di farmaci salvavita

Aumentare di 16x la velocità del software "DNADist" per aiutare Roche e altre aziende farmaceutiche ad accelerare la ricerca sui farmaci

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SHANGHAI— 6 Agosto 2012—NVIDIA ha annunciato che lo standard di programmazione OpenACC ha permesso ai ricercatori cinesi di accelerare notevolmente l’applicazione di genomica DNADist,1 che viene utilizzata nelle prime fasi di sviluppo delle terapie per malattie genetiche, come la sindrome di Down, l’emofilia, la fibrosi cistica e l’anemia falciforme.

Utilizzando il compilatore CAPS enterprise OpenACC, i ricercatori della Shanghai Jia Tong University hanno accelerato l’applicazione DNADist fino a 16 volte su un sistema basato su GPU NVIDIA® Tesla® integrando solo quattro semplici suggerimenti – denominati “direttive” – al codice dell’applicazione.

DNADist è una distance-matrix application per lo studio delle relazioni genetiche tra specie diverse nel corso della storia evolutiva, che consente ai ricercatori di estrarre informazioni dal DNA leggendo sequenze nucleotidiche, che potenzialmente potrebbero portare a una migliore comprensione delle cause e a nuove cure per le malattie genetiche pervasive. Accelerare l'applicazione DNADist consente ai ricercatori di studiare una gamma molto più ampia di dati e di ottenere informazioni utili più rapidamente nel processo di ricerca della terapia per la malattia.

OpenACC è uno standard di programmazione per il calcolo parallelo che utilizza direttive ed è stato progettato per permettere a milioni di ricercatori di tutto il mondo di sfruttare facilmente la potenza del GPU computing. Esso fornisce il modo più semplice per gli utenti, con o senza una solida competenza di programmazione parallela, di velocizzare i tempi delle loro ricerca nel giro di poche ore, utilizzando modelli di programmazione familiari.

Roche impressionata dalla potenza di OpenACC accelerata dalle GPU
Consentendo si accelerare l'applicazione con il minimo sforzo, OpenACC fornisce alle maggiori aziende farmaceutiche al mondo, come Roche, la capacità di ricercare, individuare e sviluppare farmaci più efficaci, più velocemente e in maniera più conveniente.

"Sono stupito di quanto velocemente e con quale facilità OpenACC abbia messo a disposizione tutta la potenza di accelerazione delle GPU con DNADist, che è una delle nostre applicazioni più critiche," ha affermato Steve Pan, project director, Roche Pharma Global Informatics. “L'impatto potenziale delle GPU non ha prezzo, perché ci consente di portare i nostri prodotti sul mercato più rapidamente e arrivare anche solo un giorno prima significa salvare più vite."

"L'estrazione di informazioni significative dall'ampia collezione di dati sulle sequenze di DNA disponibili richiede una potenza di calcolo sempre maggiore", ha dichiarato Sumit Gupta, senior director, Tesla business di NVIDIA. "OpenACC consente ai ricercatori di sfruttare rapidamente e facilmente le incredibili prestazioni degli acceleratori con GPU per analizzare montagne di dati genomici. Ciò riduce notevolmente il tempo necessario a studiare sistemi biologici e potenzialmente ci conduce allo sviluppo di farmaci di nuova generazione maggiormente efficaci."

Un consistente e crescente numero di ricercatori e ingegneri utilizzano compilatori che supportano OpenACC e sistemi hybrid CPU/GPU computing per accelerare tutti i tipi di applicazioni, tra cui CAD / CAM, elaborazione delle immagini, scienza dei materiali, dinamica molecolare, chimica quantistica e molte altre applicazioni . In molti casi, gli utenti riportano di aver raggiunto accelerazioni di 5-10X maggiori con poche ore di lavoro.

Webinar su OpenACC, DNADist – 6 Settembre 2012
La società CAPS terrà un webinar aperto al pubblico, Giovedì 6 Settembre 2012 per presentare ai partecipanti esperienze d'uso e i migliori impieghi di OpenACC, e per fornire maggiori dettagli sull'accelerazione dell'applicazione DNADist. Per ulteriori informazioni o per registrarsi, visitare https://www2.gotomeeting.com/register/668751466.

Informazioni su GPU NVIDIA Tesla
Le GPU Tesla sono acceleratori paralleli basati sulla piattaforma di calcolo parallelo NVIDIA CUDA®. Le GPU Tesla sono state espressamente progettate per il calcolo ad alte prestazioni (HPC), la scienza computazionale e il super calcolo e offrono performance significativamente superiori con le applicazioni scientifiche e commerciali rispetto ai sistemi basati su sole CPU. Le GPU Tesla, oggi equipaggiano tre dei cinque super computer della classifica mondiale.

Maggiori informazioni sulle GPU NVIDIA Tesla sono disponibili sul sito Tesla . Per saperne di più di CUDA, è possibile visitare CUDA website. Ulteriori news su NVIDIA , sull'azienda e sui prodotti, video, immagini e altro sono disponibili nella NVIDIA newsroom. E' possibile anche seguirci su Twitter (@NVIDIATesla).

Informazioni su NVIDIA
NVIDIA (NASDAQ: NVDA) ha mostrato al mondo intero la reale potenza della grafica computerizzata con l'invenzione della GPU avvenuta nel 1999. Oggi, i suoi processori sono la base fondante di una vasta gamma di prodotti, che spaziano dagli smartphone ai supercomputer. I processori mobile di NVIDIA vengono usati nei telefonini, nei tablet e sistemi di infotainment per automobili. I giocatori su PC si affidano alle GPU per accedere a mondi virtuali di grande spettacolarità e immersività. I professionisti li usano per creare grafica 3D ed effetti visivi per i film e per la progettazione di qualsiasi cosa, dai campi da golf sino ai Jumbo Jet. Infine, i ricercatori utilizzano le GPU per espandere le frontiere della scienza grazie a soluzioni di high-performance computing. La società è proprietaria di oltre 5.000 brevetti inviati, depositati o registrati, fra cui alcuni relativi a "concetti essenziali" per il computing moderno. Per ulteriori informazioni,vedere www.nvidia.it.

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Alcune affermazioni riportate nel presente comunicato stampa ivi incluse, in via esemplificativa, affermazioni relative a: l'impatto, le prestazioni e i vantaggi della piattaforma di elaborazione in parallelo NVIDIA CUDA, nonché l'impatto positivo dei brevetti della società sul computing moderno, sono affermazioni soggette a rischi ed incertezze che possono avere esiti effettivi materialmente differenti dalle aspettative. Importanti fattori che possono causare esiti molto diversi da quelli attesi sono: condizioni economiche globali; ricorso a terze parti per la produzione, l'assemblaggio, l'imballaggio e il testing dei prodotti; impatto dello sviluppo o della concorrenza a livello tecnologico; sviluppo di tecnologie più veloci o efficienti; difetti di progettazione, produzione o software; variazioni delle preferenze e richieste dei consumatori; cambiamenti di standard e interfacce del settore; riduzione imprevista delle prestazioni dei nostri prodotti o delle nostre tecnologie quando vengono integrati nei sistemi, nonché altri fattori di volta in volta trattati nei rapporti che NVIDIA inoltra all'ente Securities and Exchange Commission (SEC), ivi compreso il relativo modulo 10-Q per il periodo fiscale terminato il martedì 22 novembre 2011. Copie dei documenti e delle relazioni depositati presso la SEC sono disponibili presso il sito Web di NVIDIA a titolo assolutamente gratuito. Queste previsioni sono soggette a rischi e incertezze e quindi non costituiscono alcuna garanzia di future prestazioni e rendimenti e sono valide soltanto alla data in cui sono state formulate. Inoltre, fatte salve le limitazioni previste dalla legge, NVIDIA disconosce qualsiasi obbligo ad aggiornare tali previsioni in modo da riflettere eventi o circostanze future.

© 2012 NVIDIA Corporation. Tutti i diritti riservati. NVIDIA, il logo di NVIDIA e CUDA sono marchi e/o marchi registrati di NVIDIA Corporation negli USA e in altri paesi. Tutti gli altri nomi di società e di prodotti possono essere marchi dei rispettivi detentori con i quali sono associati. Caratteristiche, prezzi, disponibilità e specifiche tecniche sono soggetti a modifica senza preavviso.

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1 DNADist fa parte del pacchetto di programmi open source PHYLIP (PHYLogeny Inference Package), utilizzato dagli accademici nel campo delle bioscienze, principalmente in filogenesi. Fonte: http://en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP