Dinamica molecolare

Le applicazioni di dinamica molecolare sono estremamente adatte all'uso dell'architettura massivamente parallela delle GPU NVIDIA. Nelle tabelle che seguono vengono evidenziati i risultati ottenuti dal VMD e anche dai pacchetti software di dinamica molecolare quali NAMD e HOOMD.

L'introduzione di NVIDIA Tesla Bio Workbench offre ai biofisici e agli esperti di chimica computazionale gli strumenti necessari per ampliare i confini della ricerca biochimica, ottimizzando il workflow scientifico e accelerando il ritmo delle scoperte. Altre informazioni.


Simulazioni Generalized Born in AMBER San Diego Supercomputing Center	Scalabilità di NAMD su un cluster GPU Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

ISV/applicazione	Funzionalità supportate	Accelerazione prevista*	Stato dell’applicazione
Abalone	Simulazioni (su 1060 GPU)	4-29x	Rilasciata
ACEMD	Programmata per l’uso con le GPU	5x	Rilasciata
AMBER	PMEMD: solutore esplicito e implicito	8x	Rilasciata, versione 11
CHARMM	In sviluppo	4-29x	In sviluppo
DL-POLY	Problema dei due corpi, coppie di cellule, forze SPME di Ewald, Shake VV	4x	Rilasciata, versione 4.0
FastROCS	Ricerca e confronto di similarità delle forme in tempo reale	800-3000x	Rilasciata
GROMACS	Solutore implicito (5x) ed esplicito (2x)	2x-5x	Rilasciata, versione 4.5.4
HOOMD-Blue	Programmato per l’uso delle GPU (32 core di CPU a confronto con 2 GPU da 10xx core)	2x	Rilasciata
LAMMPS	Lennard-Jones, Gay-Berne	6x	Rilasciata
NAMD	Calcolo dei potenziali non legati	2x-7x	Rilasciata, versione 2.8
Schrodinger Core Hopping	Minimizzazione primaria, DESMOND, generazione di Glide Grid, PyMOL, analisi della traiettoria MD	5000x	Rilasciata
VMD	Rendering di alta qualità, grandi strutture (100 milioni di atomi).	125x	Rilasciata

* Accelerazione prevista su un sistema basato su CPU x64 quad-core. Accelerazioni indicate sulla base delle prove interne di NVIDIA o della documentazione fornita dal provider dell’applicazione.

Scaricamento di software per la dinamica molecolare compatibili con CUDA

Rapporti tecnici sulle applicazioni di dinamica molecolare eseguite su CUDA

Presentazioni

Sessioni della GPU Technology Conference

Discorso dell'ospite d'onore: Velocizzazione della ricerca scientifica, Hans Peter Pfister, Harvard University
Dinamica molecolare accelerata via GPU con AMBER, The Scripps Research Institute e San Diego Supercomputer Center
Accelerazione via GPU di visualizzazione e analisi in VMD, University of Illinois a Champaign-Urbana
Biofisica computazionale ed elettrostatica a lungo raggio su GPU, NVIDIA
Computing volontario per le GPU: petaflop gratuiti, UC Berkeley
Sfruttamento delle GPU per la formazione dei chirurghi e la pianificazione preoperativa, CSIRO
Solutori accelerati dalle GPU per ODE che descrivono equazioni delle membrane cardiache, UC San Diego
Ricostruzione del cervello: estrazione della circuitazione neurale con CUDA ed MPI, Harvard University
Visualizzazione su computer ispirata dalla biologia: un approccio a elevata produttività, MIT
Una simulazione su larga scala di QCD su reticolo con un cluster di GPU, National Taiwan University

Presentazioni della SC09

Panoramica del supporto di NVIDIA CUDA in AMBER – lezioni apprese, capacità implementate, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
Sfruttamento della velocità delle GPU per accelerare la simulazione di particelle LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
Accelerazione delle applicazioni di modellazione molecolare con il GPU Computing, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois a Urbana Champaign

Accelerazione mediante CUDA in verticali correlate