Dinamica molecolare

Le applicazioni di dinamica molecolare sono estremamente adatte all'uso dell'architettura massivamente parallela delle GPU NVIDIA. Nelle tabelle che seguono vengono evidenziati i risultati ottenuti dal VMD e anche dai pacchetti software di dinamica molecolare quali NAMD e HOOMD.

L'introduzione di NVIDIA Tesla Bio Workbench offre ai biofisici e agli esperti di chimica computazionale gli strumenti necessari per ampliare i confini della ricerca biochimica, ottimizzando il workflow scientifico e accelerando il ritmo delle scoperte. Altre informazioni.

Simulazioni Generalized Born in AMBER San Diego Supercomputing Center	Scalabilità di NAMD su un cluster GPU Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

Altre informazioni sui codici di dinamica molecolare sono disponibili scaricando il catalogo delle applicazioni per le scienze biologiche (in inglese).

Scaricamento di software per la dinamica molecolare compatibili con CUDA

• Altre informazioni sull'accelerazione via GPU di VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 include l'accelerazione CUDA
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics (dinamica molecolare orientata agli oggetti altamente ottimizzata)
• MDGPU
• Porting di LAMMPS su GPU
• GPUGrid.net
• Libreria OpenMM per l'accelerazione della dinamica molecolare sulle GPU
• GROMACS con OpenMM
• Pacchetto di dinamica biomolecolare ACEMD
• Porting di AMBER su CUDA
• BigDFT: codice di struttura elettronica di DFT (teoria funzionale della densità) – documento in PDF
• TeraChem: primo codice di chimica quantistica programmato dalle fondamenta per le GPU CUDA

Rapporti tecnici sulle applicazioni di dinamica molecolare eseguite su CUDA

• Accelerazione di VASP: i calcoli della struttura elettronica delle onde piane vengono accelerati con unità di elaborazione grafica (GPU)
• Esercitazione CUDA alla manifestazione Supercomputing '08 per NAMD e VMD
• Pubblicazioni relative a NAMD e VMD
• Un'implementazione del metodo Particle-Mesh Ewald (PME) su hardware GPU
• Accelerazione della simulazione di dinamica molecolare AMBER su GPU
• Pubblicazioni relative a HOOMD
• Microscopio a fluorescenza
• Utilizzo della potenza grafica per le simulazioni di dinamica molecolare (MD)
• Folding @ home (con esecuzione di GROMACS)
• MD dei liquidi con Ascalaph

Presentazioni

Sessioni della GPU Technology Conference

• Verso l'esecuzione routinaria di simulazioni di dinamica molecolare della durata di microsecondi su hardware ordinario -University of California San Diego
• Soluzioni di dinamica molecolare accelerate da GPU per la simulazione di cristalli solidi covalenti - Accademia delle Scienze cinese
• Innovazioni per la dinamica molecolare su GPU: corpi rigidi in HOOMD-blue - Joshua Anderson
• Un innovativo software di dinamica molecolare parallelizzato - IFPEN
• Screening computazionale dei nuovi materiali per la cattura delle emissioni di carbonio - UC Berkeley/Berkely Lab
• Simulazioni di dinamica molecolare in petascala su supercomputer accelerati da GPU - University of Illinois di Urbana-Champaign
• Soluzioni di dinamica molecolare basate su GPU per la simulazione della ricombinazione di proteine ed RNA - Wake Forest University
• VMD: visualizzazione molecolare e analisi ad alte prestazioni su GPU - University of Illinois di Urbana-Champaign
• Uno studio del nuovo modello di programmazione Persistent Threads per il GPU Computing - UC Davis
• Visualizzazione di volumi in terascala per le neuroscienze - KAUST
• Simulazione macromolecolare abilitata dalle GPU: sfide e opportunità - University of Delaware
• Analisi della struttura dell'interfase bio-nano con simulazioni di dinamica molecolare di durata di microsecondi su GPU - Case Western Reserve University
• Eccellente scaling per le applicazioni di dinamica molecolare - NVIDIA
• Dinamica molecolare efficiente nelle architetture GPU eterogenee in GROMACS - KTH Royal Institute of Technology
• Dinamica molecolare, GPU ed EC2 - Amazon Web Services

Altre presentazioni sono disponibili su GTC On-Demand.

Presentazioni della SC09

• Panoramica del supporto di NVIDIA CUDA in AMBER – lezioni apprese, capacità implementate, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Sfruttamento della velocità delle GPU per accelerare la simulazione di particelle LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Accelerazione delle applicazioni di modellazione molecolare con il GPU Computing, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois a Urbana Champaign

• Chimica computazionale
• Imaging medico
• Bio-informatice e scienzie biologiche
• Libreria ArrayFire di funzioni GPU per C, C++, FORTRAN
• MATLAB®

• Altre soluzioni verticali Tesla
• Strumenti e librerie di sviluppo software CUDA

MATLAB è un marchio registrato di The MathWorks, Inc.
ArrayFire è un marchio di AccelerEyes