AMBER 11 con accelerazione via GPU è la chiave di volta per offrire il desktop supercomputing a tutti i bio-scienziati

 
 

Gli scienziati impegnati nella ricerca farmacologica riscontrano prestazioni di elaborazione sino a 100 volte superiori

Product PR

Luciano Ballerano
PR Manager Italia
NVIDIA
lballerano@nvidia.com

SANTA CLARA, California — 29 aprile 2010 — Le estenuanti procedure di ricerca scientifica su cui si basa la scoperta di nuovi farmaci ora possono essere concretamente accelerate grazie ad AMBER 11, uno strumento software che permette ai bio-scienziati di dotare i propri PC desktop della straordinaria potenza del supercomputing. 

AMBER 11, la versione più recente di una delle applicazioni più diffuse tra i biochimici e gli altri scienziati che si occupano di ricerche sulla dinamica molecolare, è ottimizzato in modo da consentire l'uso di unità di elaborazione grafica (GPU) NVIDIA® che consentono di accelerare lo strumento sino a 100 volte rispetto ai tradizionali server basati su CPU. Le GPU consentono a normalissime workstation desktop di fornire prestazioni precedentemente possibili soltanto usando supercomputer. Questo incrementa nettamente la produttività degli scienziati, che finalmente non devono più attendere l'assegnazione di turni di utilizzo delle risorse di supercomputer o cluster di server dipartimentali.

“La risorsa di supercomputing che utilizziamo è costantemente al massimo dell'utilizzo, il che ci obbliga ad attendere uno o più giorni prima di poter eseguire una simulazione. Questa situazione fa perdere intere settimane ai nostri progetti di ricerca”, ha dichiarato il dottor Ross Walker, professore e ricercatore del San Diego Supercomputer Center, presso la University of California di San Diego e uno dei principali fautori di AMBER.

AMBER 11 è progettato per sfruttare le GPU NVIDIA Tesla™ serie 20, che utilizzano l'architettura parallela CUDA™ per le specifiche esigenze delle applicazioni di elaborazione a elevate prestazioni (HPC). Le prime prove condotte dalla comunità di utenti di AMBER hanno evidenziato prestazioni sino a 30 volte superiori su una vasta gamma di simulazioni bio-molecolari.

“Grazie alle GPU, ora possiamo eseguire la maggior parte del nostro lavoro senza staccarci dalla scrivania. Si tratta di una vera e propria rivoluzione. Qualsiasi dipartimento di ricerca che intenda investire in risorse di computing per l'esecuzione di AMBER dovrebbe dotare ogni ricercatore di workstation con GPU”, ha aggiunto Walker.

Il dottor Walker ha poi fatto notare come, per la simulazione a solutore implicito di un nanosecondo della vita di un nucleosoma da 25.000 atomi, una sola GPU Tesla offra una potenza di elaborazione equivalente a quella di un cluster di CPU a elevate prestazioni da 512 core. Nelle più semplici simulazioni a solutore esplicito, come ad esempio il benchmark JAC, Walker ha notato che una GPU Tesla fornisce la potenza di elaborazione equivalente ai 48 core del supercomputer NSF Ranger.

“Aumenti delle prestazioni di interi ordini di grandezza permettono vere e proprie rivoluzioni scientifiche: il nostro lavoro a fianco del dottor Walker è una di queste”, ha dichiarato Andrew Cresci, General Manager del Vertical Marketing di NVIDIA. “Oggi AMBER 11 consente agli scienziati di testare un numero nettamente superiore di teorie e di simulare molti scenari diversi, grazie alla straordinaria rapidità offerta dalle GPU e, ancora più importante, alla eccezionale accessibilità delle workstation con GPU.”

Per ulteriori informazioni su AMBER 11, visitare questo indirizzo. Per ulteriori informazioni su Tesla Bio Workbench, l'iniziativa di NVIDIA che punta a offrire ai biofisici e agli esperti di chimica computazionale gli strumenti necessari per ampliare i confini della ricerca biochimica e della quale AMBER è solo uno dei componenti, visitare questo indirizzo

Informazioni su NVIDIA
NVIDIA (Nasdaq: NVDA) ha fatto capire al mondo intero la reale potenza della grafica computerizzata quando ha inventato l'unità di elaborazione grafica (GPU) nel 1999. Da allora, ha costantemente definito nuovi standard per il visual computing con nuove soluzioni di grafica interattiva mozzafiato rese disponibili su lettori multimediali portatili, notebook e workstation. La grande esperienza di NVIDIA nell'ambito delle GPU programmabili ha portato a scoperte rivoluzionarie nell'elaborazione in parallelo, che hanno reso il supercomputing molto più conveniente e abbordabile. La società detiene oltre 1.100 brevetti USA, compresi quelli relativi a progetti e intuizioni fondamentali per il computing moderno. Per ulteriori informazioni, esaminare il sito www.nvidia.it.

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Certe affermazioni in questo comunicato che includono, senza limitarsi ad esse, frasi quali quelle relative alle GPU NVIDIA Tesla, all'architettura CUDA e ad Amber 11 sono affermazioni soggette a rischi ed incertezze che possono avere esiti effettivi materialmente differenti dalle aspettative. Importanti fattori che possono causare esiti molto diversi da quelli attesi sono: sviluppo di tecnologie più rapide ed efficienti; difetti di design, produzione o del software; il possibile impatto dovuto allo sviluppo della tecnologia e della concorrenza; cambiamenti nella domanda e nei gusti dei consumatori; l’adozione da parte dei consumatori di standard differenti o di prodotti concorrenti; cambiamenti negli standard di settore e nelle interfacce; perdita imprevista di performance dei nostri prodotti o delle tecnologie una volta integrate in un sistema così come diversi altri fattori descritti nel dettaglio nelle relazioni di NVIDIA depositate presso la Securities and Exchange Commission tra cui il Form 10-K per il periodo terminato il 31 Gennaio 2010. Copie dei documenti e della relazioni depositati presso la SEC sono disponibili presso il sito Web di NVIDIA a titolo assolutamente gratuito. Queste previsioni sono soggette a rischi e incertezze e quindi non costituiscono alcuna garanzia di future prestazioni e rendimenti e sono valide soltanto alla data in cui sono state formulate. Inoltre, fatte salve le limitazioni previste dalla legge, NVIDIA disconosce qualsiasi obbligo ad aggiornare tali previsioni in modo da riflettere eventi o circostanze future.

© 2010 NVIDIA Corporation. Tutti i diritti riservati. NVIDIA, il logo NVIDIA, CUDA e Tesla Bio Workbench sono marchi o marchi registrati di NVIDIA Corporation negli Stati Uniti e/o in altri paesi. Tutti gli altri nomi di società e di prodotti possono essere marchi dei rispettivi detentori con i quali sono associati. Caratteristiche, prezzi, disponibilità e specifiche sono tutti fattori soggetti a modifica senza preavviso.



 
 
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