CUDA in azione

CUDA + ricerca

Straordinaria accelerazione della simulazione dei virus

		I virus, la causa di moltissime patologie, sono i più piccoli fra gli organismi viventi oggi noti. A causa della loro semplicità e delle loro ridottissime dimensioni, i biologi computazionali hanno selezionato un virus per il primo tentativo di simulazione di un'intera forma di vita usando un computer, scegliendone uno dei più minuti, il virus mosaico del tabacco. I ricercatori hanno simulato il virus in una goccia di soluzione salina usando un programma denominato NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) realizzato dalla University of Illinois - Urbana-Champaign.
Vue du STMV montrant la capside de protection qui renferme le génome viral.	Disposition icosaédrique de la capside du STMV.

NAMD è stato accelerato in modo del 1200% grazie a CUDA™. Questa configurazione consente una velocità che supera anche di 330 volte quella di una CPU a core singolo e viene eseguita sul cluster accelerato da GPU del National Center for Supercomputing Applications (NCSA). I ricercatori sono convinti che questa soluzione fornirà un contributo decisivo alla medicina moderna e agli sforzi per comprendere meglio e trattare con maggiore efficacia le patologie di origine virale.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Siti in cui avviene il legame tra ioni (arancio) e genoma virale, localizzati usando un programma con accelerazione CUDA.

Sites des ions (en orange) reliant le génome viral, localisés en utilisant un programme accéléré par CUDA.