Chimica computazionale

Ci sono diversi progetti in corso per l'accelerazione dei codici di chimica quantistica usando GPU CUDA-compatibili, inclusi quelli sulle Gaussiane e sui GAMESS. Le tabelle qui sotto mostrano risultati rappresentativi, seguiti da collegamenti al software e da rapporti tecnici sull'accelerazione CUDA della chimica computazionale.

L'introduzione di NVIDIA Tesla Bio Workbench offre ai biofisici e agli esperti di chimica computazionale gli strumenti necessari per ampliare i confini della ricerca biochimica, ottimizzando il workflow scientifico e accelerando il ritmo delle scoperte. Altre informazioni.

Calcoli diretti di campi auto-consistenti (SCF) Ufimtsev e Martinez	Valutazione integrale a due elettroni Koji Yasuda

Altre informazioni sui codici di chimica computazionale sono disponibili scaricando il catalogo delle applicazioni per le scienze biologiche (in inglese).

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Scaricamento di software per la dinamica molecolare compatibili con CUDA

• Altre informazioni sull'accelerazione via GPU di VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 include l'accelerazione CUDA
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics (dinamica molecolare orientata agli oggetti altamente ottimizzata)
• Libreria OpenMM per l'accelerazione della dinamica molecolare sulle GPU
• GROMACS con OpenMM
• Porting di AMBER su CUDA
• Porting di LAMMPS su GPU
• TeraChem: primo codice di chimica quantistica programmato dalle fondamenta per le GPU CUDA
• ACE-MD
• MDGPU
• GPUGrid.net
• BigDFT: codice di struttura elettronica di DFT (teoria funzionale della densità) -- documento in PDF
• PC GAMESS su CUDA

• Todd Martinez lavora sulle elaborazioni di chimica quantistica su GPU
• Q-Chem su CUDA
• Un'implementazione del metodo Particle-Mesh Ewald (PME) su hardware GPU
• Valutazione integrale a due elettroni sulla GPU
• Accelerazione del metodo FMO (MO frammentario) usando CUDA
• Pubblicazioni relative a NAMD e VMD
• Dinamica molecolare su una griglia di GPU

• Modellazione più rapida per le scienze dei materiali con la versione accelerata di Quantum Espresso – Irish Centre for High-End Computing
• Un linguaggio specifico per la chimica quantistica destinato ai cluster eterogenei – Pacific Northwest National Labs
• VASP accelerato con le GPU – University of Chicago
• Calcoli su larga scala e via DFT dello pseudopotenziale del primo principio usando i cluster di GPU – Accademia delle Scienze cinese
• Chimica quantistica: generazione e ottimizzazione automatizzata del codice per i kernel delle GPU – Stanford

Altre presentazioni sono disponibili su GTC On-Demand.

• Panoramica del supporto di NVIDIA CUDA in AMBER – lezioni apprese, capacità implementate, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Sfruttamento della velocità delle GPU per accelerare la simulazione di particelle LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Accelerazione delle applicazioni di modellazione molecolare con il GPU Computing, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois a Urbana Champaign

• Dinamica molecolare
• Accelerazione di MATLAB
• Scienze biologiche, bio-informatica

• Altre soluzioni verticali Tesla
• Strumenti e librerie di sviluppo software CUDA