Sequenziamento e combinazione proteica sono compiti molto impegnativi dal punto di vista dei calcoli che traggono enormi vantaggi in termini di performance dall'uso di una GPU CUDA-compatibile. Al momento sono attivi numerosi progetti che utilizzano GPU con diversi programmi di bio-informatica e scienze biologiche.

L'introduzione di NVIDIA Tesla Bio Workbench offre ai biofisici e agli esperti di chimica computazionale gli strumenti necessari per ampliare i confini della ricerca biochimica, ottimizzando il workflow scientifico e accelerando il ritmo delle scoperte. Altre informazioni.

BGI accelera le analisi del genoma con le GPU
Scoprite come l’azienda cinese leader della genomica BGI ha utilizzato le GPU NVIDIA Tesla per accelerare il sequenziamento del DNA.

Leggete altre storie di successo.

Accelerazione di HMMER con GPU Informatica scalabile	MUMmerGPU: allineamento delle sequenze di DNA a elevato throughput grazie alle GPU Schatz, et al

Principali ISV e applicazioni di bio-informatica che si avvalgono di CUDA

*Accelerazione prevista su un sistema basato su CPU x64 quad-core. Accelerazioni indicate sulla base delle prove interne di NVIDIA o della documentazione fornita dal provider dell’applicazione.

Software di bio-informatica che si avvale dell'architettura CUDA

• MUMmerGPU: Allineamento delle sequenze di DNA a elevato throughput grazie a CUDA
• Codice Smith-Waterman su GPU
• Smith-Waterman su CUDA online
• ClustalW su CUDA: allineamento di più sequenze con CUDA
• Folding @ home con GPU CUDA-compatibili
• LISSOM: modello di neocorteccia umana con CUDA
• AutoDock basato su CUDA di Silicon Informatics

Rapporti tecnici sull'uso di CUDA in bio-informatica

• Allineamento delle sequenze
• MUMmerGPU: Allineamento delle sequenze di DNA a elevato throughput grazie alle GPU
• CUDASW++: ricerche nel database di sequenze Smith-Waterman
• Allineamento delle sequenze di Smith-Waterman con CUDA
• Documenti su applicazioni di bio-informatica che si avvalgono dell'architettura CUDA
• Infernal-GPU: Allineamento dell'RNA accelerato da CUDA, Infernal (INFERence of RNA Alignment, inferenza dell'allineamento dell'RNA)
• Allineamento delle sequenze SWAMP
• CMatch: Rapido abbinamento di stringhe sequenziali di proteine e geni

• Abbinamento
• Abbinamento di proteine in 3D
• Accelerazione di PIPER con CUDA
• Operazioni di abbinamento delle proteine alla University of Wisconsin e video intervista di David Dynerman
• Jack Collins del National Cancer Institute parla del GPU computing
• Pipeline di calcolo ad alte prestazioni per le analisi di dati metagenomici
• MrBayes su GPU
• Algoritmo di simulazione stocastica (SSA) per i sistemi biologici
• Modelli di calcolo auto-organizzati della corteccia visiva umana
• Strumento DNA Microarray per l'analisi dell'espressione genica mediante il calcolo su GPU della distanza euclidea fra due punti

Accelerazione mediante CUDA in verticali correlate

• Imaging medicale
• Dinamica molecolare
• Chimica computazionale
• Accelerazione MATLAB

Vedere anche

• Altre soluzioni verticali Tesla
• Strumenti e librerie di sviluppo software CUDA